Söz konusu sistemlere ilişkin az bilinen ama üzerinde en çok spekülasyon yapılan bir husus da işletme maliyetlerinin yüksek olduğu iddiasıdır.
İşletme maliyetlerini belirleyen en önemli unsur enerji (elektrik) tüketimidir. Bunun dışında periyodik bakımlar esnasında değişebilen filitrasyon sarf malzemeleri (karbon filitreler ve membranlar) ile ön arıtma kimyasalları (Koagülantlar –çöktürücüler-, flokülant polimerler), membran koruma kimyasalları (antiskalantlar, pH düzenleyiciler), dezenfeksiyon kimyasalları (klor, sodyum bisülfit, sodyum metabisülfit), membran temizleme kimyasalları (asidik temizleyiciler, alkali temizleyiciler), post-treatment (son işlem) kimyasalları gibi sarflardır.
Kullanılan elektriğin tüketim (kWh) miktarı ve kullanılan sarfların değişme sıklığı ve miktarı; sistemin büyüklüğüne (m3/gün), kullanım yoğunluğuna (m3/gün) ve suyun kaynağına (tuzluluk, kirlilik, mesafesi gibi) bağlı olarak değişmektedir. Elektrik maliyeti, 2,5 kWh/m3 ile 6 kWh/m3 arasındadır. Genel olarak sarf malzemelerinin maliyeti elektrik maliyetinin % 50’si oranındadır.
Ancak sisteme opsiyonel olarak entegre edilebilecek enerji geri kazanım ünitesi (energy recovery) ile elektrik maliyeti en az % 50 oranında azaltılabilir. Yenilenebilir enerji ünitesi (örn. GES santrali) ilavesi ile de elektrik maliyeti tamamıyla sıfırlanır.